À travers une histoire qui se déroule sur cinq siècles dans plusieurs espaces temps, des êtres se croisent et se retrouvent d’une vie à l’autre, naissant et renaissant successivement…
À Hongkong, Ming est un tueur à gages qui commence à regretter de s'être associé à une femme qui lui passe des commandes sanguinaires. Un jour, Ming décide de tout quitter et de s'installer chez Punkie, une jeune Chinoise rencontrée dans un bar.
Un aubergiste, propriétaire d'un restaurant chinois est assailli par un promoteur qui veut l'obliger à vendre son établissement. En désespoir de cause, l'aubergiste demande l'aide de Tang Lung alias "Dragon".
1920. Le général Hou Chieh est seigneur de la guerre en Chine. Par simple désir égoïste de posséder à lui seul les provinces qu'il a conquises, un enchaînement de mauvaises décisions et une trahison inattendue, il finira par perdre sa fille et être séparé de sa femme.
Petit gangster de Hong-Kong, Wah se partage entre son boulot habituel, le recouvrement de dettes, et la nécessité de protéger son acolyte, Fly, à la conduite problématique : celui-ci ne cesse d’emprunter de l’argent qu’il ne peut jamais rembourser. Mais cette vie, déjà̀ passablement déréglée, est bouleversée quand Wah doit héberger sa jolie cousine, Ngor, qui vit loin de la ville, sur l’île de Lantau. Wah entame alors un épuisant va-et-vient entre son amour naissant pour Ngor, mirage d’une vie paisible, et sa fidélité́ à son «frère» de gang, Fly, tabassé à répétition par les hommes de main d’un autre gangster, Tony. Wah devra choisir sa destinée.
Deux amants, Lai et Ho, quittent Hong Kong pour l'Argentine. Leur aventure tourne mal et ils se quittent. Lai, déchiré par cette rupture commence à travailler à Buenos Aires comme aboyeur dans un bar de tango pour économiser l'argent. Ho réapparait un jour dans la rue du bar… Les amants retrouvent une dernière fois pour tout recommencer.
Infernal Affairs 2 se situe plus de dix ans avant le premier film : il raconte le parcours de jeunesse de Chan, qui vient tout juste d’infiltrer les triades, et Lau, qui entre dans la police, ainsi que la prise du pouvoir par Sam au sein du gang.
Sung Tse Ho et Mark Gor deux seigneurs de la mafia à Hong Kong, coulent des jours heureux sous les ordres d'un parrain vieillissant. Tout irait pour le mieux si Ho n'avait un frère cadet qui a choisi de faire carrière dans la police.
Jeff est un tueur professionnel. Lors de l'exécution d'un contrat, il blesse accidentellement aux yeux une jeune chanteuse, Jenny. Rongé par le remords, il accepte d'éliminer un parrain des Triades afin de réunir la somme nécessaire à la transplantation de cornée dont Jenny a besoin. L'affaire tourne mal et Jeff se retrouve à la fois poursuivi par ses employeurs et par un policier acharné, l'inspecteur Li.