D'origine péruvienne par sa mère, Benjamin Bratt fait ses études à San Francisco puis se lance dans une carrière artistique à la fin des années 80. Il débute sur petit écran en tenant la vedette de plusieurs séries policières - Knightwatch de 1988 à 1989, Brigade de choc à Las Vegas l'année qui suit - puis apparaît pour la première fois au cinéma en 1991, dans le thriller One good cop, qui le voit côtoyer Michael Keaton. C'est en 1993 que la carrière de Benjamin Bratt prend son envol, grâce au drame urbain/carcéral Les Princes de la ville, réalisé par Taylor Hackford et dans lequel il incarne un ancien membre de gang reconverti en policier coriace. Il enchaîne ensuite avec des rôles secondaires dans Demolition man (1994), Danger immédiat (id.) et La Rivière sauvage (1995).

Après une parenthèse durant laquelle il revient travailler pour la télévision, empruntant le nom d'inspecteur Rey Curtis dès 1995 - un rôle qui parcourra pendant 14 ans plusieurs séries policières comme New York Police Judiciaire et Homicide - Benjamin Bratt privilégie définitivement le septième art. Il varie les genres et participe à la comédie romantique Un couple presque parfait (2000), aux côtés de Madonna, puis au thriller de science-fiction Planète rouge (id.), avec Val Kilmer. En 2001, sa notoriété augmente avec Miss Détective, comédie délurée où il donne la réplique à Sandra Bullock, et le Traffic de Steven Soderbergh, où cet acteur au physique avantageux campe un redoutable trafiquant de drogue qu'on ne voit pas beaucoup mais qui impressionne.

Benjamin Bratt s'illustre ensuite en premier rôle du thriller Abandon (2004) puis se glisse dans la peau d'un policier pour enquêter sur les agissements de Catwoman (id.), femme féline incarnée par Halle Berry sous la direction du Français Pitof. Cette même année 2004, il campe le beau-frère au comportement douteux d'un Kevin Bacon pédophile dans The Woodsman. Les deux années suivantes le voient renouer avec le petit écran lorsqu'il endosse le rôle principal de DOS : Division des Opérations Spéciales, une série avortée de 8 épisodes où son personnage, le capitaine Jim Tisnewski, doit s'opposer aux plans carriéristes des employés du Pentagone. Malgré tout, l'acteur reprend en 2008 un rôle principal dans The Cleaner, qui dure deux ans.

Multipliant les genres, le comédien tourne tour à tour dans des comédies dramatiques (Age Difficile Obscur, 2006), des adaptations de roman(ce)s littéraires (L'Amour aux temps du choléra de Mike Newell, 2007), des biopics ambitieux (un petit rôle en 2009 dans le Che de Soderbergh), des films d'animation (Tempête de boulettes géantes, id.), ou encore des drames familiaux (La Mission, 2010, réalisé par Peter Bratt, frère de Benjamin). En 2010, il change à nouveau de ton en jouant le père biologique de Rico Rodriguez dans la sitcom Modern Family, puis se fiance à Addison Montgomery (Kate Walsh), l'héroïne de Private Practice (série dérivée de Grey's Anatomy). En 2013, il rejoint le costaud Dwayne Johnson dans le survitaminé Infiltré. Benjamin y joue un baron de la drogue.