Walton Sanders Goggins Jr. n'est pas né de parents artistes. Il est éduqué par plusieurs femmes au sein d'une ferme de Georgie. Il découvre néanmoins l'art du jeu par le biais de son oncle et sa tante, tous les deux comédiens de théâtre. A l'âge de 14 ans, il va à la rencontre d'une directrice de casting locale pour évoquer son désir de devenir acteur, lui demandant de le prendre sous son aile. Après avoir tourné dans plusieurs productions de petite ampleur, il part à l'âge de 19 ans à Los Angeles et décroche sa première apparition à l'image dans la série Dans la chaleur de la nuit en 1989.

A partir là, l'acteur enchaîne plus de 25 petits rôles dans des films, des séries TV ou des téléfilms avant d'apparaître plus longuement en méchant dans The Crow : Salvation. Après avoir décroché son premier second drôle dans Red Dirt, il fonde sa propre compagnie de production avec l'acteur Ray McKinnon, Ginny Mule Pictures, grâce à laquelle ils décrocheront l'Oscar du meilleur court-métrage avec The Accountant en 2001. Ils écriront, produiront et joueront dans trois autres films de la société (Chrystal, Randy and the Mob & That Evening Sun).

Mais c'est un an plus tard, avec le rôle du détective Shane Vendrell dans The Shield, qu'il marque les esprits. 7 saisons durant, le flic corrompu ira au devant d'une séparation avec son acolyte, Vic Mackey. Le créateur de la série, Kurt Sutter, lui offre une autre incarnation, celle du transsexuel Venus Van Damme pour la saison 5 de Sons of Anarchy. Entre temps, on a pu apercevoir l'acteur dans de nombreuses productions d'envergure, jouant un prisonnier dans Predators, un député effrayé dans Lincoln, un impitoyable homme de main dans Django Unchained ou un dangereux soldat au rire démoniaque dans American Ultra.

Pourtant, c'est encore la série TV qui lui ouvre un rôle d'envergure avec le personnage du méchant Boyd Crowder dans Justified. Prévu pour disparaître dès le pilote, il devient au fil des six saisons du show l'opposant direct à Timothy Olyphant, maître d'oeuvre de la série. Il est ensuite en 2015 l'un des Huit Salopards de Quentin Tarantino et doit prochainement faire face à Oscar Isaac et Mark Wahlberg dans Mojave de William Monahan. Dans Mojave, il rencontrera Scott Eastwood, à la recherche de sa femme kidnappée en pleine guerre civile.