Edward Elric et son frère Alphonse Elric sont des Alchimistes. Après avoir tenté de ramener leur mère à la vie, ils essayent de récupérer le tribut qu'ils ont payé. Pour cela, Edward est devenu Alchimiste d'État. Mais au cours de leurs recherches, bien des épreuves attendent les deux frères.
Lycéen timide et souffre-douleur rêvé pour les bourreaux qui lui servent de camarades de classe, Ippo Makunouchi a pris l'habitude de subir chaque jour diverses humiliations physiques et morales.
En 2017, le Japon vit sous le joug de l'empire de Britannia. Rebaptisé "Zone Eleven", le pays subit quotidiennement la terreur de l'occupant qui réprime toute sédition grâce à ses armées de Mécas, les "Nightmare Frames".
An 2307, les énergies fossiles ont été épuisées et l'humanité s'est tournée vers l'énergie solaire grâce à trois ascenseurs orbitaux de 50 000 km permettant de transmettre l'énergie solaire à trois grands blocs nationaux : l'AEU, la LRH et l'Union. Malheureusement, l'énergie produite par ces ascenseurs ne profite pas à toutes les nations, ce qui attise des conflits et en fait perdurer d'autres. Une organisation répondant au nom de « Celestial Being » émerge et annonce qu'elle utilisera désormais ses Mobile Suits Gundam pour éradiquer tous les conflits.
The Lost Canvas narre le récit de la précédente guerre sainte et du combat millénaire d'Athéna, déesse de la justice, et de son fidèle chevalier Pégase contre le dieu des morts Hadès, 250 ans avant les événements de Saint Seiya.
Trois jeunes apprentis faucheurs d'âmes, de l'école Shibusen, apprennent à devenir de vrais faucheurs d'âmes confirmés. Pour se faire, ils possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses. Malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes.
La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.
A Tokyo, les gangs font la loi. Dans le quartier de Shibuya, le clan de Saru règne en maître... Tandis que les règlements de comptes se font de plus en plus impitoyables, la ville va sombrer dans le chaos...