John Boorman est né dans la ville de Shepperton, dans la banlieue de Londres. Il grandit à côté des studios de cinéma de la ville. Boorman passe une partie de son enfance chez les Jésuites et sa jeunesse est marquée par les bombardements allemands pendant la seconde guerre mondiale. Il fera le récit de cette période difficile dans La guerre a sept ans. John Boorman intégrera d'ailleurs beaucoup d'éléments autobiographiques dans ses oeuvres.

À dix-huit ans, il gagne sa vie en étant critique de cinéma à la radio et en écrivant des articles pour divers magazines. Réalisateur anglais le plus brillant et le plus original de sa génération, il a fait ses premières armes à la télévision. Il devient monteur à la télévision pour le BBC, avant de réaliser des courts métrages documentaires.

En 1965, il tourne son premier long métrage Sauve qui peut. L'année suivante, retour au documentaire avec un film sur D.W. Griffith, "The Great Director". C'est en faisant des recherches sur Griffith, que John Boorman rencontre Judd Bernard qui lui confie le script du film policier Le Point de non retour avec Lee Marvin. L'année suivante, Boorman dirige à nouveau Marvin pour Duel dans le Pacifique, un huit clos à ciel ouvert avec Toshirô Mifune l'acteur fétiche d'Akira Kurosawa.

En 1970, il rentre à Londres pour tourner Leo the Last avec Marcello Mastroianni. Deux ans plus tard, il retourne aux Etats-Unis pour réaliser Délivrance; le film est un immense succès critique. Après ce succès, Boorman désire réaliser un film de science-fiction. Il veut adapter Le Seigneur des Anneaux, mais devant le coût du projet les producteurs refusent. Il écrit alors un scénario original d'anticipation très pessimiste: Zardoz qu'il tournera en Irlande. Malgré la présence de Sean Connery au générique, le film sera un échec cuisant. Boorman réalise alors la suite de L' Exorciste de William Friedkin, L' Exorciste 2 - l'hérétique, un film de commande.

Le cinéaste met alors quatre années pour réaliser ce qui restera sans doute comme le chef d'oeuvre de sa carrière : Excalibur. Commence alors pour lui une décennie de succès. Il enchaîne La Forêt d'émeraude, La guerre a sept ans et Tout pour réussir. Les trois films sont grandement appréciés par la critique et le public. Après un moyen métrage I dreamt I woke up, John Boorman réalise en 1994 Rangoon, un film de studio sur la dictature en Birmanie avec Patricia Arquette. Après avoir tourné le téléfilm Two Nudes Bathing avec John Hurt et Charley Boorman, le cinéaste participe à Lumière et compagnie film en hommage aux frères Lumière, où quarante réalisateurs proposent chacun un court-métrage. En 1998, il revient avec Le Général, un film indépendant. Filmé en noir et blanc, le film est récompensé à Cannes par le prix de la mise en scène. Après trois années de silence, John Boorman signe Le Tailleur de Panama, un film d'espionnage avec Pierce Brosnan. Même si le film semble loin de l'univers de Boorman, il signe avec ce film de studio, une oeuvre ironique et pertinente.

En 2004, le cinéaste dirige Juliette Binoche dans Country of my skull, un film se passant en Afrique du Sud. Véritable nomade du cinéma, Boorman se balade entre les Etats-Unis, l'Angleterre et l'Irlande depuis maintenant plus de trente-cinq ans. Il tourne deux ans plus tard The Tiger's Tail, comédie policière avec pour interprètes principaux Kim Catrall et Brendan Gleeson. Le cinéaste revient à la mise en scène en 2014 avec le mélodrame Queen & Country qui s'intéresse au destin de deux jeunes soldats pendant la guerre de Corée.