Les pilotes de Makinami parviennent à vaincre le Troisième Ange. Asuka Langley-Shikinami et EVA-02 battent quant à eux le Septième Ange tandis que le Huitième Ange surgit et attaque le QG des Nerv. EVA-3 est battu par le Neuvième Ange pendant les essais, et Shinji tente de le neutraliser, mais apprend qu'Asuka est à bord. Gendo passe en pilage automatique et se met à attaquer EVA-03.
En juillet 1988, une mystérieuse explosion détruit Tokyo, déclenchant la troisième guerre mondiale. 31 ans plus tard, en 2019, Néo Tokyo, la mégalopole construite sur la baie de Tokyo a retrouvé sa prospérité d’antan et se prépare à l’évènement majeur des Jeux olympiques de 2020. Dans l'ombre, les choses sont moins réjouissantes, le chômage augmente et les actions des dissidents se multiplient...
2029, Newport City. Le Major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra-perfectionnée, à la tête de la Section 9, une unité d’élite anti-terroriste, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d’altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le « Marionnettiste », à la réputation aussi mystérieuse qu’insaisissable, devient la cible d’une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du Ministère des Affaires Etrangères et de son mystérieux Projet 2501. Écoutant sa voix intérieure, Motoko se lance corps et âme dans une quête sans relâche qui l’amènera à questionner son existence et sa part d’humanité.
Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu’un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l’occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.
Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ».
Une énorme tempête de feu a dévasté la moitié des villes du monde, affaiblissant les hommes et donnant naissance à des mutants capables de manier le feu, les Burnish. 30 ans plus tard, un groupe de mutants terroristes, appelés les Mad Burnish, menacent de détruire de nouveau la Terre.
The End of Evangelion est un film divisé en deux parties proposant une version des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.
L’humanité a réussi à atteindre une quasi-immortalité. Mais à force de manipulations génétiques, elle a perdu la faculté de procréer, et décline inexorablement. En mission pour percer les secrets de la reproduction, Parton est envoyé dans la ville souterraine.
Traumatisé par le Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo III et le destin de l'humanité est désormais entre les mains de l'agence spéciale Nerv. Le jeune Shinji Ikari est contraint de piloter EVA-01. Ce dernier, accompagné du pilote Rei Ayanami, aux commandes de l'EVA-00, sont chargés de se battre, mais EVA-01 est endommagé par le Sixième Ange. Misato Katsuragi met au point un plan pour transférer toute l'électricité du Japon dans le canon positron d'EVA-01 afin de vaincre l'Ange.