C’est tout d’abord au théâtre que Stephan Wojtowicz se fait connaître, à partir de la fin des années 1980, en jouant dans Le Malade Imaginaire de Molière dans une mise en scène de Marc Fayet. Alternant pièces classiques et créations contemporaines, le comédien se distingue également comme auteur de théâtre avec plusieurs pièces dont La Sainte Catherine, qui lui permet de remporter en 2006 le Molière du meilleur auteur.

C’est à cette époque qu’il débute également une carrière au cinéma et à la télévision. En 2005, pour son premier rôle sur grand écran, il donne la réplique à Johnny Hallyday dans Quartier VIP de Laurent Firode. Le grand public le voit ensuite jouer des personnages secondaires chez Stéphane Brizé (Je ne suis pas là pour être aimé – 2005), Eric Lavaine (Poltergay – 2006) ou encore Guillaume Nicloux (La Clef – 2007).

En 2008, Stephan Wojtowicz rejoint le casting de la série Engrenages dans laquelle il interprète pendant plusieurs saisons le rôle du Commissaire Aubert. Il campe également, à la même époque, le personnage récurrent de Pierre Souchet dans la série Hard.

En parallèle, le comédien devient l’un des seconds rôles les plus demandés du cinéma français au cours des années 2010, tournant devant la caméra d’Alice Winocour (Augustine – 2012), Philippe Le Guay (Alceste à bicyclette – 2013), Valérie Lemercier (100% cachemire – 2013), Eric Lartigau (La Famille Bélier – 2014) ou encore Fred Cavayé (Radin ! – 2016).

En 2019, le comédien devient le commissaire Alain Etcheverry dans la série Tropiques Criminels face à Sonia Rolland et Béatrice de La Boulaye. Au cinéma, Stephan Wojtowicz continue de tourner, surtout dans des comédies (Les Cobayes d’Emmanuel Poulain-Arnaud – 2020 ; Menteur d’Olivier Baroux – 2022 ; Le Larbin d’Alexandre Charlot et Franck Magnier – 2024 ; Les Boules de Noël d’Alexandra Leclère – 2024…).

En 2025, l’acteur est au casting de la série Clean diffusée sur M6, aux cotés d’Alix Poisson et Rachida Brakni. Au cinéma, il apparaît dans la comédie Délocalisés d’Ali et Redouane Bougheraba.