Adolescent cinéphile, Christophe Honoré suit des études de Lettres Modernes et de cinéma en Bretagne. Il monte à Paris en 1995, année de la publication de Tout contre Leo, son premier livre pour enfants, un genre dans lequel il se fait un nom, en abordant des thèmes jusqu'alors tabous (le sida, l'homoparentalité). Également auteur de romans "adultes" salués par la critique (L'Infamille, La Douceur) et dramaturge, il réalise en 2000 son premier court métrage, Nous deux, et collabore au scénario des Filles ne savent pas nager.

A la fin des années 90, Christophe Honoré signe dans les Cahiers du Cinéma des textes polémiques dont le héros est un dénommé Roland Cassard, clin d'oeil à un personnage-clé de l'oeuvre de Demy. On retrouve cette référence au réalisateur de Lola dans le titre de son premier long métrage, Dix-sept fois Cécile Cassard, sorti en 2002. Portrait éclaté d'une femme en deuil, ce premier opus éclairé par la présence de Béatrice Dalle est projeté au Festival de Cannes dans le cadre de la section Un Certain regard. Coscénariste pour Jean-Pierre Limosin (Novo) ou Gaël Morel (Le Clan, Après lui), Honoré relève le défi de porter à l'écran Ma mère, roman réputé inadaptable de Bataille, avec, dans le rôle d'une femme qui initie son fils à la débauche, la téméraire Isabelle Huppert.

La relation fraternelle, thème-fétiche de l'écrivain Honoré, est au coeur de Dans Paris, troisième long métrage léger et mélancolique, au parfum Nouvelle Vague, avec Romain Duris et Louis Garrel. Le film fait un tabac à la Quinzaine des Réalisateurs en 2006. Fort de ce succès, le cinéaste s'attelle sans tarder à un projet audacieux, Les Chansons d'amour (2007), une comédie musicale avec son acteur-fétiche Louis Garrel, entouré de Ludivine Sagnier et Clotilde Hesme - cette fois, en course pour la Palme d'or. Prolifique, il tourne ensuite La Belle personne (2008), transposition de La Princesse de Clèves de nos jours, dans un lycée du XVIe arrondissement. Au moment où ce film, initialement destiné au petit écran, sort en salles -et est présenté à San Sebastian-, Honoré tourne déjà son opus suivant, dans sa Bretagne natale, Non ma fille, tu n'iras pas danser avec Chiara Mastroianni, qu'il retrouve deux ans plus tard pour son drame Homme au bain, aux côtés de l'acteur de films pornographiques gays, François Sagat.

Après avoir écrit le scénario de la comédie Let My People Go !, réalisé par Mikael Buch, il retrouve une nouvelle fois ses acteurs fétiches (Louis Garrel, Chiara Mastroianni, Ludivine Sagnier), accompagnés par Catherine Deneuve, pour tourner son nouveau film musical, Les Bien-aimés. Présenté en clôture du festival de Cannes 2011, ce film, bercé par les compositions musicales d'Alex Beaupain, présente les amours d'une mère et de sa fille, entre le Paris des années 60 au Londres d'aujourd'hui. Il réalise ensuite Métamorphoses (2014), Les Malheurs de Sophie (2016), Plaire, aimer et courir vite (2018) et Chambre 212 (qui permet à Chiara Mastroianni de gagner le prix d’interprétation Un Certain Regard en 2019). En 2020, il tourne un film avec la troupe de la Comédie-Française : Guermantes. Deux ans plus tard, il signe Le Lycéen, dans lequel un jeune de 17 est confronté, en compagnie de son frère et de sa mère, à la mort de son père. Pour l'occasion, le metteur en scène s'attribue le rôle du père.

Parallèlement à cette brillante carrière de réalisateur, Christophe Honoré est actif au théâtre, où il met en scène ses propres textes. Parmi eux, nous pouvons citer Les Débutantes (1998), Beautiful guys (2004), Dionysos Impuissant (2005), Nouveau Roman (2012), Fin de l’Histoire (2015) et adapte Angelo, Tyran de Padoue de Victor Hugo (2009). Il crée à l’automne 2018, Les Idoles, qui reçoit le Prix de la Critique. Puis, il met en scène à la Comédie-Française en 2020 Le Côté de Guermantes de Proust. En 2021, il crée au Théâtre de l’Odéon la pièce Le Ciel de Nantes, qui obtient le Prix de la Critique de la meilleure pièce. En 2013, il signe sa première mise en scène lyrique, Dialogues des Carmélites de Poulenc, à l’Opéra de Lyon, suivi de Pelléas et Mélisande de Debussy (2014), Cosi Fan Tutte de Mozart (2016), Don Carlos de Verdi (2018) et Tosca, dont la première a eu lieu au Festival d’Aix-en-Provence en juillet 2019. Il crée aussi Les Troyens de Berlioz au printemps 2022 à l’opéra de Munich.