Fils du comédien américain Richard Harris et de l'actrice galloise Elizabeth Rees-Williams, il est également le frère du réalisateur Damian Harris et de l'acteur Jamie Harris.

Jared Harris est né à Londres. Il y passe l'intégralité de son enfance puis part étudier aux Etats-Unis en intégrant la "North Carolina Duke University" pour y suivre des cours de Lettres et d'Art Dramatique. Après l'obtention de son diplôme, Jared retourne dans son pays natal où il rejoint la "Royal Shakespeare Company" qui lui permet de monter sur les planches. Il joue alors dans de nombreuses pièces, notamment dans "A Clockwork Orange", "Romeo & Juliette" ou encore "Hamlet".

Inspiré par son père, Jared Harris rêve de cinéma depuis son plus jeune âge. Désireux de se faire un nom dans le septième art, il se met sans plus attendre en quête de castings. C'est son frère aîné, Damian Harris, qui lui procure son premier contact avec les plateaux de cinéma en l'engageant, en 1989, pour son film intitulé The Rachel Papers. En 1992, il donne la réplique à Tom Cruise dans Horizons lointains de Ron Howard avant de faire une apparition dans Le Dernier des Mohicans de Michael Mann, ainsi que dans Tueurs nés d'Oliver Stone et Nadja, un film produit par David Lynch et réalisé par Michael Almereyda.

Dans la seconde moitié des années 90, Jared Harris se dirige vers le cinéma d'auteur et se retrouve au casting de nombreux films indépendants, tels que Dead Man (1995) de Jim Jarmusch, Smoke (1995) aux cotés d'Harvey Keitel, I Shot Andy Warhol (1996), Father's Day (1997), Lush (1999) ou encore Comment tuer le chien de son voisin (2000). Eblouissant d'intensité dans chacune de ses interprétations, il tape dans l’œil des grandes maisons de production hollywoodiennes qui l'invitent à prendre part, par le biais de rôles secondaires, à des projets ambitieux.

Jared Harris entame alors la décennie 2000 en jouant les seconds rôles dans de nombreux blockbusters. Il se glisse dans la peau d'un cambrioleur aux cotés de George Clooney et sa bande dans Ocean's Twelve (2004) de Steven Soderbergh, s'improvise tueur de zombies dans le Resident Evil : Apocalypse (2004) d'Alexander Witt, puis joue les marins aux cotés de Brad Pitt dans L'étrange histoire de Benjamin Button, sous la direction du virtuose David Fincher.

Entre-temps, le comédien trouve également le temps de s'afficher dans plusieurs séries télévisées. On peut en effet le retrouver dans quelques épisodes de New York Unité Spéciale, The Riches ou encore Mad Men, où il incarne un directeur financier aguerri qui se suicide après une lourde faute professionnelle. En 2008, il est même l'un des personnages principaux de la première saison de Fringe, créée par J.J. Abrams, aux côtés de Joshua Jackson et de John Noble.

L'acteur britannique effectue son retour sur les écrans en 2012, en jouant les méchants dans Sherlock Holmes 2 : Jeu d'ombres de Guy Ritchie : il y incarne Moriarty, le pire ennemi du célèbre détective anglais interprété par le très à la mode Robert Downey Jr.. Il poursuit en incarnant de nombreux personnages secondaires dans les films (souvent grand publics) Lincoln, The Mortal Instruments, Pompéi, Les Âmes silencieuses, Poltergeist, The Last Face, Alliés, Robert the Bruce ou encore Morbius.

C'est du côté des séries qu'il trouve ses rôles les plus marquants. Le natif de Londres campe ainsi le roi George VI dans The Crown et le personnage principal de The Terror, centrée sur une expédition dans l'Arctique qui vire au cauchemar, au 19ème siècle. Il joue également le scientifique Valery Legasov dans Chernobyl, le politicien Absalom Breakspear dans Carnival Row et le professeur Hari Seldon dans la série de science-fiction Fondation, tirée du roman d'Isaac Asimov.