Issu d'une famille tournée vers les arts du spectacle, John Cusack, le frère de l'actrice et scénariste américaine Joan Cusack, débute sa carrière à l'âge de huit ans en tant que comédien au théâtre et doubleur pour des spots publicitaires. En 1983, il décroche son premier rôle au cinéma en interprétant le rôle de Roscoe dans la comédie romantique de Lewis John Carlino intitulée Class. Il travaille ensuite avec plusieurs réalisateurs débutants, dont Cameron Crowe (Un monde pour nous, 1989) et Tim Robbins (Bob Roberts, 1992 ; Broadway 39e rue, 1999).

La tragédie historique Les Maîtres de l'ombre (Roland Joffé, 1989) et surtout le film noir Les Arnaqueurs (Stephen Frears, 1990) rendent son visage familier aux yeux du grand public. John Cusack enchaîne dès lors des oeuvres ambitieuses sous la direction de réalisateurs aussi prestigieux que Woody Allen (Ombres et brouillard, 1992 ; Coups de feu sur Broadway, 1994), Clint Eastwood (Minuit dans le jardin du bien et du mal, 1997), Robert Altman (The Player, 1992), Terrence Malick (La Ligne rouge, 1998) ou encore Spike Jonze (Dans la peau de John Malkovich, 1999).

En 1994, l'acteur s'intéresse à l'écriture en participant aux dialogues de Floundering. Il évolue encore dans la voie scénaristique avec des films comme Tueurs a gages (1997) et Haute fidélité (2001) dont il est aussi producteur. En effet, dès 1997, Cusack se lance dans la production notamment avec Grace Is Gone (2008), le drame américain de James C. Strouse. Fidèle au genre avec lequel il s'est introduit dans le cinéma, John Cusack poursuit sa carrière d'acteur dans la comédie romantique en donnant la réplique aux plus grandes stars féminines de sa génération : Julia Roberts (Couple de stars, 2001), Kate Beckinsale (Un amour à New York, 2002) ou encore Diane Lane (La Main au collier, 2005).

Partenaire à deux reprises de Billy Bob Thornton dans Les Aiguilleurs (2000) et Faux amis (2006), il alterne par la suite films indépendants empreints d'une certaine gravité (Max, 2001; Grace is Gone, 2008) et thrillers hollywoodiens de facture plus classique (Identity, 2003 ; Le Maître du jeu, 2004 ; Le Contrat, 2007 ; et Chambre 1408, 2008), et ce jusqu'en 2009, où il se voit propulser en tête d'affiche du blockbuster 2012 de Roland Emmerich. En 2010, il collabore avec Steve Pink en tant que producteur et acteur pour sa comédie La Machine à démonter le temps, puis prend part, deux ans plus tard, à deux thrillers : il devient l'écrivain Edgar Allan Poe à la recherche d'un redoutable tueur en série (L'Ombre du mal) et prête ses traits à un très violent détenu croupissant dans le couloir de la mort (Paperboy).

En 2013, John Cusack interprète Richard Nixon dans le film de Lee Daniels salué par la critique, Le Majordome. On le retrouve l'année suivante dans le controversé Map to the Stars de David Cronenberg où il partage l'affiche avec Julianne Moore et Robert Pattinson. En 2015, dans Love and Mercy, l'acteur incarne le chanteur des Beach Boys Brian Wilson, pendant la période des années 1980. Parallèlement à ces projets relativement ambitieux, John Cusack prend part à une multitude de Direct to DVD principalement orientés action/thriller comme 48 heures chrono, Suspect, Grand Piano, L'instinct de tuer, Drive Hard, The Prince, Dragon Blade ou encore Arsenal. 

John Cusack tient, en 2019, le haut de l'affiche du western Never Grow Old en compagnie d'Emile Hirsch.